В XVII веке главным центром православного образования не только на бывших землях южных и юго-западных русских княжеств, но и всей Руси стала Киево-Могилянская академия. В ее название вошло фамильное прозвище создавшего академию митрополита Киевского Петра Могилы. В православных изданиях Киева, Львова, Вильнюса заметно сильное влияние католического богословского языка. Дело в том, что с разрушением Византийской империи приходила в упадок и система образования на православном Востоке. А вот на католическом Западе она беспрепятственно развивалась, и многие ее достижения были заимствованы киевской богословской школой. Ее "рабочим" языком стала латынь, которая опиралась прежде всего, на латинские источники. Опыт киевской школы и ее богословы сыграли важнейшую роль в возрождении православного просвещения в Московской Руси в XVII веке, когда были залечены раны Смутного времени. В 1687 году Константинопольский патриарх Дионисий и восточные патриархи присылают грамоту, утверждающую переход Киевской митрополии в московскую юрисдикцию. Происходит Воссоединение Киевской митрополии с Московской патриархией.

Начало ХVIII века ознаменовалось для России радикальными реформами Петра I. Реформы коснулись и Русской Церкви: после кончины в 1700 году Патриарха Адриана Петр I задержал выборы нового Предстоятеля Церкви, а в 1721 году учредил коллегиальное высшее церковное управление в лице Святейшего Правительствующего Синода, который оставался высшим церковным органом в течение почти двухсот лет (1721-1917 годы). Обязанности Предстоятеля временно исполнял митрополит Рязанский Стефан Яворский. Царь Петр сознательно не спешил с поставлением патриарха, выжидая, пока его отсутствие не станет привычным. Святейший синод не просто заменил патриаршее правление. Этот орган уже непосредственно подчинялся государю. Русское государство стало империей, но не византийского образца — с двумя главами, а западного-с одной главой, светской. В деятельности Синода, членами которого являлись лица духовного звания, участвовал мирянин — обер-прокурор, "глаза и уши" светской власти. В XVIII веке Церковь лишилась почти всех своих земельных владений, а ее имущество попало под государственный контроль. Благосостояние иерархов, особенно членов Синода, зависело от государственного жалования. Священники были обязаны доносить начальству обо всем, что могло представлять угрозу государственному строю. Если эти сведения были получены на исповеди, когда священник выступает перед Богом свидетелем раскаяния человека в совершенных грехах, то духовник должен был разгласить тайну исповеди — совершить то, что по церковным канонам считается преступлением. Усилившийся бюрократический контроль вкупе с чиновным произволом превратил духовенство в "запуганное сословие". Его авторитет в обществе стал падать. В XVIII столетии с его модой на свободомыслие среди обер-прокуроров были даже убежденные атеисты.

В XIX веке при преемниках Петра I Церковь стала "Ведомством православного исповедания" (это название Церкви стояло на бумагах Святейшего синода). Обер-прокурор стал реальным руководителем Ведомства православного исповедания.
В то же время некая тайна сопровождает жизнь Русской Церкви в Синодальный период своей истории (1721-1917 годы): подчинившись новым установлениям, в своей глубине Церковь их не приняла. Это неприятие выразилось не в сопротивлении — активном или пассивном (хотя было и такое, и за него в XVIII веке немало иерархов и мирян заплатили головой). В противовес полицейскому и бюрократическому давлению в Церкви возникали такие явления, в которых сосредоточивалась полнота внутренней духовной свободы.
Так, Русская церковь XVIII столетия освящена мудрой кротостью святителя Тихона Задонского (1724-1783). Будучи епископом, он отличался абсолютным бескорыстием, скромностью, особым талантом к воспитанию духовенства, неприятием обычных в то время телесных наказаний. Святитель Тихон прославился как замечательный церковный писатель, просветитель и благотворитель. Последние 16 лет жизни он провел в Задонском монастыре "на покое", а на деле — в непрерывных трудах, сочетая молитвенный подвиг с писательством, принимая паломников и ухаживая за больными. Именно в эту эпоху начинается возрождение особого монашеского подвига безмолвной молитвы — "умного делания". Эта традиция, зародившаяся в Византии и почти исчезнувшая к XVIII веку на Руси, сохранилась на Афоне. Оттуда ее принес на земли Молдавии русский монах Паисий Величковский, впоследствии — архимандрит Нямецкого монастыря в Карпатах. Он известен и своими духовно-литературными трудами.
Русская Церковь особое внимание уделяла развитию духовного просвещения и миссионерству на окраинах страны. Велось восстановление старых и строительство новых храмов. Немало сделали русские церковные ученые и для развития таких наук, как история, языкознание, востоковедение.

Начало XIX столетия отмечено тихой славой преподобного Серафима, Саровского чудотворца (1753-1833). Его бесхитростные беседы с паломниками — пример некнижного просвещения, открывавшего понимание православной веры и простым людям, и ученым.
XIX век — время расцвета старчества. В церковной иерархии нет чина старца (учителя и наставника). Старца нельзя назначить, им невозможно притвориться; старец должен быть признан церковным народом. Такое признание получали единицы. Особую славу приобрели старцы Оптиной пустыни, которая стала местом настоящего паломничества простонародья и интеллигенции. Старцы были преимущественно монахами, представителями черного духовенства. Однако известны старцы и из белого, женатого духовенства: например, московский священник Алексий Мечев (ум. 1923 г.).
Синодальный период истории Русской церкви — это и время появления целой сети духовных учебных заведений, в том числе академий. В XIX веке их профессура могла сделать честь любому университету и включала известных ученых.
В тот же период в обществе, некогда идеологически почти едином, появились разнообразные идейные течения, многие из которых были откровенно антицерковные. Развитие капитализма в России и изменения условий быта разрушали привычную повседневную обрядность, связанную с историческими формами православия. Тесная связь государства и Церкви в России привела к тому, что сложившиеся общественные, административные и даже экономические структуры в большинстве своем как бы сливались в сознании людей с православием. Поэтому защита этих структур и отношений многими воспринималась как отстаивание веры, а неприятие их часто было связано с отвержением Церкви. Защита ее государством нередко осуществлялась грубыми и неуклюжими способами, которые только вредили православию в глазах иноверцев и людей, недостаточно знакомых с ним. Например, долгое время государственные служащие обязаны были представлять начальству справку от священника о том, что они в установленное время постились и принимали православные таинства; существовали законы, которые грозили наказанием за переход православных в другую веру, например в старообрядчество. О неблагополучии в Русской церкви, о губительном для нее формализме в соблюдении церковного устава, о разлагающем влиянии на ее жизнь мирских интересов и настроений писали русские святые ХIX века — святители Игнатий Брянчанинов, Феофан Затворник и др. В Церкви назрели серьезные проблемы, требовавшие соборного решения.
Тем не менее, власти упорно считали несвоевременными созыв Поместного собора и восстановление патриаршества в Русской церкви. Собор удалось провести лишь после Февральской революции 1917 г. (он открылся только в августе 1917 г. и проходил до сентября 1918 г.). Собор принял решения по наиболее важным вопросам церковной жизни. Было восстановлено в Русской церкви патриаршество и святитель Тихон (1865-1925) избран патриархом Московским и всея Руси. Допустили избрание епископов духовенством и мирянами епархии, использование в богослужении не только церковнославянского, но русского и других языков. Расширились права приходов; наметили меры по усилению миссионерской деятельности Церкви, расширению участия в ней мирян. Однако реформы начались слишком поздно.
Атеистическое государство развернуло планомерную борьбу против Церкви. Декрет 1918 г. об отделении церкви от государства лишал Церковь права юридического лица и права владения собственностью.  В то же время Церковь претерпела ряд расколов (крупнейший из которых, "карловацкий", существует до сих пор).

Для большевиков Русская Православная Церковь априори была идеологическим противником. В годы гражданской войны, в 20-30-е гг. убийства священнослужителей носили массовый характер. Сокрушительный удар по Церкви был нанесен в начале 20-х гг. Церковь обвинили в том, что она отказалась отдавать церковные ценности, чтобы спасти людей в Поволжье, страдающих от голода. В действительности Церковь не отказывала в такой помощи. Она протестовала только против разграбления храмов и против надругательства над святынями. Повсюду стали проводить суды над духовенством. Во время этой кампании было осуждено большое число иерархов, в том числе патриарх Тихон. Святитель Вениамин, митрополит Петроградский, и многие другие были казнены.

В 20-е гг. удар по Церкви был нанесен и изнутри. Часть священников поспешила отказаться от патриаршей Церкви, приняла советскую власть и в 1921-1922 гг. начала движение "обновленчества". Активисты обновленческого движения объявили о создании "Живой церкви", сочувствующей идеалам советской власти и призванной обновить религиозную жизнь. Некоторые обновленцы действительно искренне хотели поверить, что евангельских идеалов можно достигнуть путем социальной революции. Лидер движения Александр Введенский пытался комплиментами в адрес новой власти усыпить ее бдительность, чтобы бороться с безбожием. Но власти не склонны были смиряться с "религиозной пропагандой". Время диспутов быстро прошло, и обновленцы, в конце концов, начали понимать, что их использовали как орудие в борьбе с Церковью. Заискивая перед властями, обновленцы подчеркивали свою готовность "служить народу". Ради "приближения к народу" вносились произвольные изменения в порядок богослужения, грубо нарушался церковный устав. Даже те изменения в жизни Церкви, которые благословил Поместный собор 1917-1918 гг., принимали грубо карикатурные формы. Конечно, за два тысячелетия существования Церкви обряд сильно изменился, однако новшества никогда не являлись самоцелью. Их задачей было более полно раскрыть неизменную веру Церкви и передать ее учение. Нововведения бывали более или менее удачными. Но обновленчество 20-30-х гг. стало таким испытанием и искушением для Церкви, что с ним в сознании многих верующих с тех пор стали ассоциироваться любые изменения, даже основанные на традиции.
Священники, не принявшие движение "обновленчества" и не успевшие или не пожелавшие эмигрировать, ушли в подполье и образовали так называемую "катакомбную церковь". В 1923 г. на поместном соборе обновленческих общин были рассмотрены программы радикального обновления РПЦ. На соборе был низложен патриарх Тихон и провозглашена полная поддержка советской власти. Патриарх Тихон подверг обновленцев анафеме.

В 1924 г. Высший церковный совет преобразован в обновленческий Синод во главе с митрополитом.

Часть священнослужителей и верующих, оказавшихся в эмиграции, образовала так называемую "Русскую православную церковь за границей" (РПЦЗ). До 1928 года РПЦЗ поддерживала тесные контакты с РПЦ, однако впоследствии эти контакты были прекращены.

В Декларации 1927 г. РПЦ заявила о своей лояльности советской власти в гражданском отношении, без каких-либо уступок в области веры. Но это не остановило репрессий. В 1930-е гг. церковь была на грани исчезновения. К 1940 г. на территории СССР осталось лишь несколько десятков действующих церквей, тогда как накануне Октября 1917 г. в России действовало около 80 тыс. православных храмов. Многие из них были разрушены, в том числе — храм Христа Спасителя в Москве, памятник благодарности Богу за избавление от врага и победу в Отечественной войне 1812 г. Если в 1917 г. православное духовенство насчитывало около 300 тыс. человек, но к 1940 г. большинства священников уже не было в живых.
Выдающиеся деятели культуры, лучшие богословы России либо погибли в застенках и лагерях, как философ и богослов священник Павел Флоренский, либо оказались за рубежом, как С. Л. Франк, Н. А. Бердяев, Сергий Булгаков и многие другие.
Власти Советского Союза изменили свое отношение к Церкви лишь тогда, когда под угрозой оказалось существование страны. Сталин мобилизовал для обороны все национальные резервы, в том числе Русскую Православную Церковь в качестве народной моральной силы. За короткое время открылось около 10 тыс. новых приходов. Священнослужители, включая епископов, были выпущены из лагерей. Русская Церковь не ограничилась только духовной поддержкой дела защиты находящегося в опасности Отечества - она оказала и материальную помощь, вплоть до обмундирования для армии, финансирования танковой колонны имени Димитрия Донского и эскадрильи имени Александра Невского. В 1943 г. Русская церковь вновь обрела патриарха. Им стал митрополит Сергий (Страгородский) (1867-1944). Сближением государства и Церкви в "патриотическом единении", был прием Сталиным 4 сентября 1943 года Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия и митрополитов Алексия (Симанского) и Николая (Ярушевича). С этого исторического момента началось "потепление" в отношениях Церкви с государством, однако Церковь непрестанно пребывала под государственным контролем, и любые попытки расширения ее деятельности вне стен храма встречали непреклонный отпор, включая административные санкции.
Деятельность патриарха Сергия трудно охарактеризовать однозначно. С одной стороны, его лояльность советской власти привела к тому, что власть практически не считалась с Церковью, с другой стороны, именно такая политика патриарха и позволила не только сохранить Церковь, но и дала возможность последующего ее возрождения.
Трудным было положение Русской Православной Церкви в период так называемой "хрущевской оттепели" (в начале 60-х гг.), когда в угоду идеологическим установкам были закрыты тысячи церквей на всей территории Советского Союза.

На Поместном Соборе 1971 г. произошло примирение со старообрядцами.

Празднование Тысячелетия Крещения Руси в 1988 году ознаменовало закат государственно-атеистической системы, придало новый импульс церковно-государственным отношениям, заставило власть предержащих начать диалог с Церковью и выстраивать взаимоотношения с нею на принципах признания её огромной исторической роли в судьбе Отечества и ее вклада в формирование нравственных устоев нации. Началось подлинное возвращение народа в Отчий дом - люди потянулись ко Христу и Его Святой Церкви. Архипастыри, пастыри, миряне стали ревностно трудиться над воссозданием полнокровной церковной жизни. При этом абсолютное большинство священнослужителей и верующих явило необычайную мудрость, выносливость, стойкость в вере, преданность Святому Православию, несмотря ни на трудности, с которыми было сопряжено возрождение, ни на попытки внешних сил расколоть Церковь, расшатать ее единство, лишить ее внутренней свободы, подчинить мирским интересам. Стремление заключить Русскую Православную Церковь в рамки Российской Федерации и связанных с нею национальных диаспор доселе оказывается тщетным.

Однако последствия гонений оказались весьма и весьма тяжкими. Предстояло не только восстановить из руин тысячи храмов и сотни монастырей, но и возродить традиции образовательного, просветительного, благотворительного, миссионерского, церковно-общественного служения. Возглавить церковное возрождение в этих непростых условиях было суждено митрополиту Ленинградскому и Новгородскому Алексию, который был избран Поместным Собором Русской Православной Церкви на овдовевшую после кончины Святейшего Патриарха Пимена Первосвятительскую кафедру. 10 июня 1990 года состоялась интронизация Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Под его Первосвятительским омофором Русская Православная Церковь подъяла тяжелейшие труды по воссозданию утраченного за годы гонений. Своеобразными вехами на этом нелегком пути стали Архиерейские Соборы Русской Православной Церкви, на которых свободно обсуждались актуальные проблемы церковного возрождения, принимались решения по каноническим, дисциплинарным и вероучительным вопросам.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 31 марта - 5 апреля 1992 года, состоявшийся в Москве, принял ряд важнейших решений относительно церковной жизни на Украине и канонического положения Украинской Православной Церкви. На этом же Соборе было положено начало прославлению в лике святых новомучеников и исповедников Российских, пострадавших за Христа и Его Церковь в годы гонений. Кроме того, Собор принял обращение, в котором изложил позицию Русской Православной Церкви по вопросам, волновавшим общество в странах, в которых проживает ее паства.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 11 июня 1992 года был созван во внеочередном порядке для рассмотрения дела по обвинению митрополита Киевского Филарета в антицерковной деятельности, способствовавшей расколу Украинской Православной Церкви. В особом 'Судебном деянии' Собор постановил извергнуть из сана митрополита Киевского Филарета (Денисенко) за допущенные им тяжкие нравственные и канонические преступления и учинение раскола в Церкви.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 29 ноября - 2 декабря 1994 года, помимо ряда решений, касавшихся внутренней церковной жизни, принял особое определение 'О взаимоотношениях Церкви с государством и светским обществом на канонической территории Московского Патриархата в настоящее время', в котором подтвердил 'непредпочтительность' для Церкви какого-либо государственного строя, политической доктрины и так далее, недопустимость поддержки церковной Полнотой политических партий, а также запретил священнослужителям выдвигать свои кандидатуры на выборах в местные или федеральные органы власти. Собор также постановил приступить к разработке 'всеобъемлющей концепции, отражающей общецерковный взгляд на вопросы церковно-государственных отношений и проблемы современного общества в целом'. Особо Собор отметил необходимость возрождения миссионерского служения Церкви и постановил разработать концепцию возрождения миссионерской деятельности Русской Православной Церкви.

Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 18 - 23 февраля 1997 года продолжил труды по общецерковному прославлению новомучеников и исповедников Российских. Кроме того, в соборных докладах и дискуссиях получили развитие темы, обсуждавшиеся на Архиерейском Соборе 1994 года, который наметил наиболее важные задачи и тенденции в церковной жизни. В частности, Собор подтвердил незыблемость церковной позиции по вопросу недопустимости участия Церкви и ее служителей в политической борьбе. Кроме того, обсуждались перспективы участия Русской Православной Церкви в международных христианских организациях, проблемы миссионерского и социального служения Церкви, угрозы прозелитической деятельности инославных и иноверных религиозных объединений.

Юбилейный Архиерейский Собор Русской Православной Церкви заседал 13 - 16 августа 2000 года в Зале церковных Соборов воссозданного Храма Христа Спасителя. Заседания Собора, завершившиеся торжественным освящением Храма, вошли в круг празднований, посвященных великому Юбилею - 2000-летию Пришествия в мир Господа и Спасителя нашего Иисуса Христа. Собор стал уникальным явлением в жизни Русской Православной Церкви по числу и значимости принятых им решений. По докладу митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, председателя Синодальной Комиссии по канонизации святых, было принято решение о прославлении для общецерковного почитания в лике святых Собора новомучеников и исповедников Российских XX века, поименно известных и доныне миру неявленных, но ведомых Богу. Собор рассмотрел материалы о 814 подвижниках, чьи имена известны, и о 46 подвижниках, имена которых установить не удалось, но о которых достоверно известно, что они пострадали за веру Христову. В Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания были также включены имена 230 ранее прославленных местночтимых святых. Рассмотрев вопрос о канонизации Царской Семьи Николая II, члены Собора приняли решение о прославлении Императора Николая II, Императрицы Александры и чад их: Алексия, Ольги, Татианы, Марии и Анастасии как страстотерпцев в Соборе новомучеников и исповедников Российских. Собор принял решение об общецерковном прославлении подвижников веры и благочестия других времен, подвиг веры которых был иной, чем у новомучеников и исповедников. Членами Собора были приняты Основные принципы отношения Русской Православной Церкви к инославию, подготовленные Синодальной Богословской комиссией под руководством митрополита Минского и Слуцкого Филарета. Этот документ стал руководством для клириков и мирян Русской Православной Церкви в их контактах с инославными.

Особое значение имеет принятие Собором Основ социальной концепции Русской Православной Церкви. Этот документ, подготовленный Синодальной рабочей группой под руководством митрополита Смоленского и Калиниградского Кирилла и явившийся первым документом такого рода в православном мире, излагает базовые положения учения Церкви по вопросам церковно-государственных отношений и по ряду современных общественно значимых проблем. Кроме того, на Соборе был принят новый Устав Русской Православной Церкви, подготовленный Синодальной комиссией по внесению поправок в Устав об управлении Русской Православной Церкви под руководством митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла. Данным Уставом Церковь руководствуется в настоящее время. Собором были приняты Послание боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви, Определение об Украинской Православной Церкви, Определение о положении Православной Церкви в Эстонии и Определение о вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Русской Православной Церкви.

Ныне православие объединяет людей разного воспитания и образования, представителей разных культур и национальностей, приверженцев разных идеологий и политических доктрин. Между богословами и отдельными группами верующих могут возникать разногласия по вопросам догматики, внутренней жизни Церкви, отношения к другим религиям. Мир иногда вторгается в духовную жизнь Церкви, навязывая ей свои приоритеты и ценности, бывает и так, что поведение некоторых православных верующих становится заметной помехой на пути людей к православию.
История свидетельствует, что Православная Церковь сохранялась в самых сложных исторических ситуациях. Правовые и экономические условия, идеологические доктрины могли благоприятствовать ее духовной жизни и общественному служению или мешать им. Но эти условия никогда не были совершенно благоприятными и никогда не оказывали на православие определяющего влияния. Содержание внутренней жизни Церкви в первую очередь определялось ее верой и учением. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II сказал: "Церковь видит свою миссию не в общественном устройстве... а в единственном, от Бога заповеданном служении спасению душ человеческих. Это свое предназначение она выполняла во все времена, при любых государственных формациях".